کلیسای سن آگوستین به عنوان کلیسای کاتولیک روم، تحت فرمان «سنت آگوستین» در بخش تاریخی مانیل یا اینتراموروس قرار دارد. این کلیسای کاتولیک در سال 1993 به عنوان یکی از چهار کلیسای ساخته شده در دوره استعمار اسپانیا، در فهرست میراث جهانی یونسکو ثبت گردید. البته پیش از آن و در سال 1976 دولت فیلیپین این کلیسا را به عنوان محوطه تاریخی ملی معرفی کرده بود.
الگوی ساخت کلیسای سن آگوستین از معابدی که در مکزیک ساخته شده بود، برداشته شد و سرانجام ساخت آن در سال 1607 به اتمام رسید. نمای داخلی بسیار زیبای این کلیسا شامل نقاشی‌ها و تابلوهایی است که توسط دو ایتالیایی طراحی شده‌اند و نیز سفیدکاری‌ها و گچ‌کاری‌ها و آذین‌بندی‌های مجلل می‌شود.
البته بنای فعلی کلیسا را باید نتیجه سومین تلاش برای ساخت و بازسازی این کلیسا دانست. چرا که یک بار در سال 1571 طعمه آتش شد. بنای دوم نیز که از چوب ساخته شده بود در سال 1583 در مراسم ترحیم فرماندار (نماینده دولت اسپانیا) وقت آتش گرفته و تخریب شد. بعد از این حادثه تصمیم گرفته شده که از سنگ برای بازسازی استفاده شود. بعدها و در قرن هجدهم بارها بعلت زلزله‌های مهیب تهدید شده ولی تخریب آنچنانی در آن صورت نگرفت.
